القصة تدور حول تايسي أوناري طالب في السنة الثانية من المرحلة الإعدادية الذي ينتقل إلى أكاديمية شينكاي الإعدادية بحثًا عن أدلة للعثور على أخته الكبرى التي اختفت قبل عامين في حادث غامض لسوء الحظ يظهر العدو الغامض المعروف فقط بلقب المجهول فجأة لأول مرة منذ عشر سنوات ويبدأ في إحداث الفوضى مما يجبر إيردا (فرع سري من مجموعة ريلوايز اليابان) على نشر الشينكاليون وهي ميكا قتالية بشرية الشكل تستند إلى قطارات شينكانسن العديدة في اليابان كمقياس وحيد لمواجهة هذا التهديد الجديد لأمن اليابان.
